Ett pilotfermenteringssystem är en småskalig bioreaktor som används för att utföra fermenteringsexperiment på en liten sats mikrobiell kultur i en kontrollerad miljö. Det används vanligtvis för processoptimering, uppskalningsexperiment och för att testa genomförbarheten av nya jäsningsprocesser innan den skalas upp till större produktionsvolymer.

Pilotjäsningssystemet består vanligtvis av ett kärl eller en tank som innehåller odlingsmediet och mikrobiella kulturen, tillsammans med instrument för att övervaka och kontrollera olika miljöparametrar såsom temperatur, pH, löst syre, omrörningshastighet och näringstillförselhastighet. Dessa parametrar är kritiska för att optimera tillväxten och metabolismen av mikroorganismerna, vilket i sin tur påverkar utbytet, kvaliteten och egenskaperna hos fermenteringsprodukten.
Pilotjäsningssystem används i stor utsträckning inom industrier som bioteknik, mat och dryck, läkemedel och biobränslen, där jäsning är en viktig del av produktionsprocessen. De tillåter forskare och ingenjörer att testa och optimera olika jäsningsparametrar i en kontrollerad miljö, vilket i slutändan kan leda till mer effektiv och kostnadseffektiv produktion i större skala.